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华因康基因
发布于:2014-11-03  来源:网站原创  
华因康基因

       用户简介:

       21世纪,各个国家都把发展生物信息科学做为重点。华因康基因(集团)由入选中组部首批“千人计划”的国家海外高层次人才、国家特聘专家团队创立。集团秉承“专业、严谨、创新、服务”的理念,自2008年创立以来,一直致力于中华民族健康事业,发展迅猛。迄今拥有深圳市华因康高通量生物技术研究院、深圳华因康基因科技有限公司、华因康基因检测中心及全国各地多家分支机构,成为以基因技术为核心,拥有雄厚研发支撑、具备研发、生产和应用三位一体的完整产业链的生物技术高科技集团。


       需求挑战:

       关于基因研究的项目, 出现了爆炸性增长,研究人员面对的是海量生物学数据,与基因相关的生物学数据增长幅度越来越大,数据翻番的时间在不断加快。数据的积累已远远超出了实验室的分析能力,而传统的计算方法也遇到了挑战。要解决这样的问题就必须发展新的分析理论、方法与新的技术、工具,这就是依靠高性能计算机集群来完成信息处理工作。正是基于此,华因康基因准备构建大型生物信息数据中心以解决数据处理、交换和存储等科研瓶颈。


      五舟方案:

      生物基因测序应用的特点是:实验仪器昂贵、计算持续时间长,对系统稳定性要求高;对 I/O要求高,容量和性能都用较高要求;对网络要求不高。第二,生物信息学,以实验测得的蛋白质、核酸序列为研究对象,对序列进行同源及相似性搜寻、比对、序列分析、遗传发育分析等,应用软件数量巨大(数十种),各种软件在同源性分析算法上各有特点,这类计算以整型为主,内存容量高,I/O要求高,应用扩展性高,网络压力小。


       经过对用户应用需求的分析,五舟提供了计算集群的解决方案。集群计算子系统包括:高密度、低功耗、易管理的 2U 服务器,计算节点配置以双路为主,采用最新的64位 Intel处理器,注重浮点峰值和内存性能;单机性能高、大内存,满足计算需求;计算网络采用低延迟、高带宽的InfiniBand,能大幅度提高应用程序的计算速度和并行加速比;针对大规模高性能计算集群系统,全局共享存储的性能和扩展性非常关键,目前主流的解决方案是采用分布式的并行存储系统,如并行集群存储系统。在软件层面,五舟为生物高性能计算用户配备完备的并行软件开发和运行环境;配置五舟集群监控管理及作业调度软件,加强对用户的使用培训,可以大大降低高性能计算机的使用门槛。


       五舟价值:

       PSTAR高通量基因测序技术是华因康研发团队自主开发的新一代测序技术(Next Generation Sequencing,NGS),是国内唯一的NGS技术。该技术主要应用于疾病监测与预防、遗传病诊断、癌症检测和用药指导、细菌与病毒等病原体的检测等领域,已得到国内多家科研机构、医疗机构等的高度认可,已申请国内外相关专利100多项,相关产品获得国家重点新产品、广东省高新技术产品认定、科技部科技成果鉴定等。              

       利用测序酶的高保真碱基识别特性,对于待测模板的任何一个碱基位置进行 ATCG 的碱基检测。通过单分子的扩增放大对待测多个序列片段独立的扩增,并使用独有的化学方法将不同的序列片段物理性的密排到测序小室,高效的酶反应和全自动化的大面积图像信息采集系统来进行大规模平行测序。从而实现千万个到上亿的基因片段的同时测序。所得每个序列片段的碱基信息将由系统自动识别并通过序列数据输出。

  


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